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NAVRNA

NAVRNA est un système interactive pour Visualiser, d'Explorer et d'Editer les molécules d'ARN. NAVRNA permets de visualiser en même temps la structure tertiare (3D) et la structure secondaire (2D) d'ARN. Les deux représentations sont fortement liés. C'est un système multi-surface et collaboratif pour l'analyse de l'ARN.
NAVRNA plateform NAVRNA plateform RNA

Visualisation
Visualization

Comme la taille des données est importante, nous avons choisi d'utiliser des surfaces de visualisation plus large que des ecrans de bureaux. NAVRNA est un environement distribué qui consiste en une table sur laquelle la structure secondaire est projetée, et d'un mur blanc sur lequel la structure tertiaire est projeté également.

La structure 3D est extraite directement des fichiers PDB. Mais comme celle ci est repliée sur elle même, Nous calculons automatiquement la structure secondaire grace à l'algorithme de Auber.

L'interaction est basée sur la table magic de francois Berard qui consiste à manipuler des jetons. La position des jetons est captuée par un système de vision par ordinateur. Une propriété de la table magique est d'autoriser l'interaction bi-manuelle.

En déplacant un jeton avec une main, le biologistte effectue une translation. Avec deux mains, le biologiste peut zoomer et tourner la représentation 2D (la distance entre les jetons donnent le facteur zoom.

Interaction- Navigation


Interaction- Manipulation

Meme si le dessin automatique de la structure secondaire d'ARN est proche des attentes des biologistes, des opérations d'édition peuvent être necessaire pour obtenir un représentation parfaite. Nous proposons un outil qui permet de modifier interactivement la representation 2D.

Au lieu de deplacer les noeuds un par un, nous proposons de déformer (courber) directement des branches d'ARN en conservant les critères esthétiques des biologistes. La complexité de cet algorithme de déformation est linéaire en nombres de noeuds du squelette de l'ARN afin de conserver un haut niveau d'interactivité.

Les utilisateurs peuvent spécifier une zone de la structure 2D sur la table (gauche) avec une fenetre translucide. L'ensemble des bases selectionnées sont mises en valeur sur la structure 3D sur le mur(droite). Cela peut etre utile pour localiser dans la 3D un motif qui peut etre reconnu que sur la structure 2D.

Les utilisateurs manipulent donc la structure 2D sur la table pour naviguer dans la structure 3D sur le mur. La table est utilisé comme un interacteur pour naviguer dans la 3D.

Interaction- Brushing

site officiel : NavGraphe